الهندسة الطبية مجال دراسة حديثة بالسودان تعنى بالتطبيقات الهندسية بشتى أفرعها بالإضافة للعلوم والحاسوب في مجال الطب بمراحله الثلاثة (الكشف والتشخيص والعلاج). وتشمل التطبيقات جميع الأجهزة والمعدات المستخدمة في المراحل الثلاثة.
وبما أن هذه الدراسة حديثة فأن الكوادر المتخصصة في هذا المجال نادرة للغاية مما يدفع الجهات المتبنية لهذه الدراسة بالاستعانة بالكوادر والمؤهلات الأجنبية من هذا المنطلق بذات فكرة تأهيل الخريجين في مجال الهندسة الطبية ببرنامج الماجستير لسد احتياجات البلاد من هذه الكوادر.
نشأ قسم الهندسة الطبية منذ عام 2004م وألان بصدد تخريج الدفعة الأولى في شهر يوليو 2008 و قد تمت الاستعانة بأساتذة من الهند ومن جمهورية مصر العربية.
تم تأسيس برنامج الهندسة الطبية اعتماداً على العلوم الهندسية والطبية بهدف أيجاد مهنة تتيح دعم وتطوير الرعاية الصحية عن طريق استخدام المعارف والمهارات الهندسية والإدارية لهذه العلوم،وذلك بتطبيق المهارات و الأساليب على كل المشاكل بالحقلين الطبي والهندسي. لهذا ركزت الجهود الحالية في مجال الهندسة الطبية على تطوير نظم الأجهزة الطبية والجراحية، تصميم أجهزة أعادة التأهيل، ربط النظم المعقدة ببعضها البعض مع جمع وتحليل البيانات، تعديل الأجهزة الطبية لتلائم البيئة السودانية وكذلك استخدام شبكات الحاسوب في ربط غرف العمليات بالمستشفيات وكليات الطب ومؤسسات تصنيع الرعاية الصحية عموماً خاصة أن هذا المجال يعتبر من المجالات الحديثة ولحاجة البلاد للأطر المؤهلة لمواكبة التطور عالمياً ودعم البحث العلمي والتطبيقي.